Det er ikke en bestemt grunn som forårsaker irritabel tarm, det finnes derimot ulike teorier.
Den teorien som er mest utbredt er at pasienter har en økt følsomhet i tarmen, og takler dermed ytre påkjenninger dårligere. Dette kan føre til at musklene i tarmveggen øker, og man kan oppleve luftansamlinger, forstoppelse og/eller diaré. Flere faktorer som kan spille inn i syndromets utvikling er arvelighet, kosthold, tykktarmsbakterier, lavgradig inflammasjon og unormale hormonproduserende celler i mage og tarm.

Psykologiske faktorer (angst, depresjon…) regnes ikke som årsaker til irritabel tarm syndrom, men de kan forverre symptomene. Dette kan forklares ved at hjernen sender unormale signaler til tarmen, noe som ofte skjer når man er under stress. Dette betyr dog at syndromet ikke sitter i hodet, eller at det er noe du bare innbiller deg. Det er en sterk sammenkobling mellom hjernen og tarmen via nerver, og dermed gir signalene fra hjernen reelle forandringer i tarmen.

Studier viser at det er stor forskjell i bakteriefloraen på mennesker med og uten symptomer på irritabel tarm. Hva det skyldes er man ikke sikker på enda, men noen teorier går ut på at bakteriefloraen har blitt forstyrret av en antibiotika kur, eller at immunsystemet til noen med irritabel tarm har reagert annerledes på bakterier i magen.

Nyere kunnskap kan tyde på at tarmen kan reagere på visse typer karbohydrater i maten man spiser, og hos noen kan dette muligens være en av årsaksfaktorene. Dermed anbefaler man ofte pasitenter om at man gjør en endring i kostholdet. Dette kan du lese mer om under fanen Mat.